Illustrator AEでの読み込み

イラレ側：

新規ファイル作成＞動画設定にすることで背景透過で作成可能

各レイヤーで分けられたものが各コンポジションになる

AE側：

AEに読み込む場合読み込み設定からフッテージではなくコンポジションへ変更